人物出身
樊瑞是濮州人氏，早年曾作全真先生，学得一身妖法，能呼风唤雨，善使流星锤，神出鬼没，人称混世魔王。他占据徐州沛县芒砀山，与八臂哪吒项充、飞天大圣李衮一同打家劫舍。
归顺梁山
樊瑞三人在芒砀山聚集三千兵马，扬言要吞并梁山泊，结果被朱贵探知，报于晁盖、宋江。史进主动请缨，率朱武、陈达、杨春下山征讨，却被项充、李衮的五百蛮牌滚刀手杀得大败，败退六七十里。
宋江又亲自率公孙胜等人前来剿捕。公孙胜见山上挂满青色灯笼，知道其中必定有人会使妖法，便在山下摆下八阵图，并辅以五雷天心正法。樊瑞虽会妖法，但却不识阵势。他让项充、李衮攻阵，自己在外作法协助，结果大败而回。项充、李衮都被梁山军生擒。
项充、李衮被擒后，因宋江以礼相待，便投降梁山。二人表示愿意劝降樊瑞，并提出留下一人为质。宋江却并未留质，将二人全部放回。樊瑞见宋江义气深重，认为不可逆天行事，遂下山投降。公孙胜应宋江之请，收樊瑞为徒，传授他五雷天心正法。
大聚义
宋江继任梁山寨主后，安排将佐职司，命樊瑞与雷横一同把守山前第一关。
智取大名府时，樊瑞是第八路头领，与项充、李衮在北京南门外围堵梁中书。
夜打曾头市时，樊瑞随时迁、李逵假意到曾头市作人质，而后与大军里应外合。 后随卢俊义攻打东昌府。
梁山排座次时，樊瑞排第六十一位，星号地然星(金圣叹本作地默星)，职司为步军将校。
两赢童贯时，樊瑞与李逵、项充、李衮一同率领五百步军，充当先头部队。
南征北战
梁山受招安后，樊瑞随宋江南征北战，颇有战功。
征讨辽国时，樊瑞曾随宋江到霸州诈降。 后与李逵、鲍旭、项充、李衮一同率领五百牌手，将二十四部雷车推入辽军中军，协助宋军攻破太乙混天象阵。
征讨田虎时，樊瑞随孙立、朱仝镇守壶关。 后被征调到昭德城，与北军国师乔道清斗法，虽然武艺、法术都不敌乔道清，但却为公孙胜来援争取了时间，而后又随公孙胜兵围百谷岭，降服乔道清。 简本水浒中，樊瑞出征前曾被封为副法真人。
征讨王庆时，樊瑞与鲁智深、武松、李逵等十四人率领五千勇捷步兵，从山后小路杀上纪山，夺取纪山山寨，而后与大军前后夹击，使得宋江大破纪山军。
征讨方腊时，樊瑞与朱仝、索超等人率领一千军马，包围扬州城外的定浦村，协助燕青剿除勾结叛军的陈观父子。 后又斩杀苏州守将邬福。 睦州之战中，樊瑞又与南军国师包道乙斗法。他在关胜头顶变出一尊乌龙天将，包道乙则在郑彪头顶变出一尊金甲神人。最终乌龙天将战败金甲神人，郑彪也被关胜一刀斩于马下。
人物结局
江南平定后，樊瑞作为幸存偏将，被封为武奕郎、都统领，“管军管民，省院听调”。 他不愿为官，便与朱武一同做了全真先生，云游江湖，去投公孙胜出家，以终天年。
