人物背景
扈三娘首次在《水浒传》中被提及是当杨雄、石秀、时迁打算上梁山，却火烧了祝家店，时迁被捉之后，杨雄恰好碰见自己曾救过的鬼脸儿杜兴。杜兴此时在独龙冈李应家的李家庄做主管，便告诉杨雄、石秀此处祝家庄、扈家庄、李家庄的情况。说到扈家庄时，便说庄主扈太公有一个儿子飞天虎扈成，和一个女儿一丈青扈三娘，使两口日月双刀，并称她“最英雄”。后来宋江一打祝家庄，派石秀去探庄，祝家庄里的钟离老人又告诉石秀，祝家庄祝朝奉三子祝彪，与扈三娘已经订了婚。
单捉王英
宋江一打祝家庄失利，便听从杨雄的建议，去找李应商议，李应不愿见，杜兴便自己跟宋江说，祝彪得罪了李应，因此祝家庄被攻打的话李家庄不会救应，但要提防扈家庄去相助祝家庄，又顺便把扈三娘的情况告诉了宋江。
宋江带兵到祝家庄外，忽然直西方向来了一彪军马，便留一部分人守住祝家庄后门，自带了欧鹏、王英，分一半人马去迎战。那一彪军马原来正是扈三娘带领，手下有二三十骑兵，还有三五百庄客。
扈三娘骑在一匹青鬃马上，轮两口日月双刀。梁山军马中，王英好色，见是个女将，便想一合捉来，于是挺手中枪上阵与她交战，打了十合以上，王英落了下风。原来王英一边打，一边挑逗扈三娘，扈三娘心里恼怒，双刀直上直下，向王英砍来，王英打不过要逃，被扈三娘追上，活捉了过去。
被擒上山
欧鹏见王英被捉，便上阵来斗扈三娘，但扈三娘本领高强，欧鹏占不了她一点便宜。接着祝家庄一方的祝龙，以及梁山一方的邓飞、马麟、秦明也加入战斗，马麟也使双刀，与扈三娘相斗时，书里写这两对双刀仿佛“风飘玉屑，雪撒琼花”。
秦明被祝家庄教师栾廷玉用计捉去，马麟便撇了扈三娘，来保护宋江。被祝龙、扈三娘追赶，这时，梁山的其余几队人马也到了，扈三娘的未婚夫祝彪也加入战斗，双方陷入混战。
扈三娘见宋江骑马到处寻找有没有迷路的好汉，便飞马紧追宋江，恰好遇见李逵，只好改变方向，却又碰上了林冲，两个斗不到十合，扈三娘便被林冲捉去。
扈三娘被捉后，宋江派人将她连夜送回梁山泊，交给他父亲宋太公看管，他“自有发落”，众人都以为宋江要娶她做压寨夫人，押送途中小心翼翼。
嫁给王英
扈三娘的哥哥扈成见妹妹被捉，求见宋江，双方约定，扈家庄不再助祝家庄对抗梁山，如有祝家庄人投奔扈家庄，扈成就将他抓起来交给宋江，这样就可以把扈三娘放回去。
后来梁山在从登州投奔来的孙立等人的协助下，攻破了祝家庄，祝彪逃往扈家庄，被扈成派人抓住，要献给宋江，却在路上遇到李逵，李逵一斧头砍了祝彪，又追着扈成要砍，扈成弃家逃命。李逵杀红了眼，冲到扈家庄里，杀了扈家庄一门老幼。回来报告宋江后，被宋江斥责，但又因杀了敌将祝彪和祝虎被将功赎罪。
梁山众将得胜回山。而在梁山上的扈三娘，此时已被宋太公收为义女。宋江此前在清风山曾许给王英一门亲事，于是就让扈三娘与王英成亲。扈三娘“见宋江义气深重”，只得答应。自晁盖以下众将都表示庆贺，当天大摆筵席。
水泊女将
自此，扈三娘成为梁山上的一名女头领，在山上多数时候都与丈夫王英分派在一起行动。后来梁山的多次征战，扈三娘基本上都有参与。
呼延灼带兵攻打梁山时，扈三娘曾用红棉套索捉住其副将彭玘。又与呼延灼交战多个回合，武艺赢得呼延灼的赞赏。
梁山与关胜军队交战时，扈三娘打出“女将一丈青”的旗号(金圣叹本则将旗号改为“美人一丈青”)，后来又用红棉套索捉得关胜的副将郝思文(金圣叹本为宣赞)。
梁山大聚义、排座次，扈三娘的石碣排名为第五十九，星号地慧星(金圣叹本为地彗星)，与丈夫王英共同担任专掌三军内探事马军头领。
南征北战
梁山受招安后，扈三娘与王英作为将领参与了征辽、征田虎、征王庆、征方腊的战争。
征辽时，扈三娘与辽国天寿公主答里孛交战，两个打成一团，王英趁机将答里孛活捉。
而在征田虎时，扈三娘杀对方将领盛本。而与对方女将琼英对战时，王英色心大发，被击败，扈三娘大骂琼英“贼泼贱小淫妇儿”，与之交战，但占不了上风，于是顾大嫂也来助阵，三女将斗到二十余合，琼英拨马便走，扈三娘在追赶时手腕中了琼英一颗飞石，撇下一把刀便回本阵。
征王庆时，扈三娘没有特别突出的战绩。
在最早出现征田虎、王庆故事的简本(文简事繁本)《水浒传》中，征田虎时，扈三娘则是捉住了对方将领卢元显。
人物结局
征方腊阶段，扈三娘仍然常与王英一同作战，有活捉“江南十二神”中的“吊客神”范畴以及“杭州二十四将”之一温克让的战绩。
后扈三娘与王英跟随宋江打到乌龙岭边，乌龙岭关隘一时难取，便先去取睦州。方腊派出“灵应天师”包道乙和他的徒弟“郑魔君”郑彪，以及猎户出身的将领夏侯成去救应。王英、扈三娘夫妻两人带着三千马军，正迎上了郑彪，郑彪先与王英交战，战到八九合，突然用法术变出一个金甲神人，吓得王英手忙脚乱，被刺下马。扈三娘见丈夫落马，急忙来救，与郑彪打了一合，郑彪回马便走，扈三娘追赶时，郑彪用一块镀金铜砖打中她面门，将她打落下马而死。书中此处写道：“可怜能战佳人，到此一场春梦”。
征方腊结束后，扈三娘被宋朝朝廷加封为花阳郡夫人。
